Até o ano de 1962 os grupos missionários de mocidade só funcionavam organizados como tal na igreja Sede, no Bairro da Barra Funda, em São Paulo.

Foi nesse ano que Rubens dos Santos, presidente do Grupo local, e Jessé Toledo redigiram e apresentaram ao Conselho Nacional de Diretores da IEQ um pedido para que o Grupo fosse reconhecido e oficializado em todo o território nacional.

O pedido foi aprovado e efetivado na convenção nacional da IEQ realizada em janeiro de 1963, quando também foi nomeado o primeiro coordenador Nacional dos Grupos de Mocidade.

O primeiro coordenador foi Cairo Marques, nomeado em 1963, e a primeira diretoria Nacional foi constituída em julho do mesmo ano, durante o primeiro Congresso Nacional dos Grupos Missionários de Mocidade: Carlos Alberto de Quadros Bezerra - Vice-presidente; Leila David Muzell - primeira secretária; Luis Ernesto de Castro - segundo secretário; Jofre de Cabral Moraes - Tesoureiro.

O primeiro e principal objetivo era formar grupos missionários de jovens em todas as igrejas locais. O segundo era difundir o caráter missionário destes grupos, que treinavam jovens no evangelismo pessoal, faziam cultos em praças e promoviam sua integração social em festas e retiros, formavam e treinavam músicos, corais e conjuntos para trabalhar na igreja local.

Nestes grupos também era dada especial atenção à leitura cristã, sendo nomeado um bibliotecário pela diretoria, e cada grupo organizava sua biblioteca. Na década de setenta a igreja sede possuía três bibliotecas: no grupo de mocidade (hoje grupo de jovens), grupo de juvenis (hoje adolescentes) e no Instituto Bíblico Quadrangular (hoje I.T.Q.). Juntas possuíam mais de 800 títulos, entre livros de teologia, biografias, testemunhos pessoais, além de bíblias em várias versões e idiomas, Atlas históricos, Atlas bíblicos, etc.

Os sócios do grupo eram membros da igreja local e eram registrados no rol do grupo recebendo uma carteirinha de sócio. Havia duas categorias de sócios: os que somente contribuíam para o grupo e freqüentavam as reuniões de domingo, e os que participavam ativamente de todos os trabalhos promovidos pelo grupo.

Cada grupo tinha a sua diretoria constituída por presidente, vice -presidente, dois secretários de atas e tesoureiro. O presidente era nomeado pelo CDL (Conselho da igreja local) e os demais membros eram eleitos pelo próprio grupo de jovens. Além da diretoria sempre havia um pastor ou pastora sênior nomeado pelo CDL como Conselheiro.

Os Coordenadores Regionais dos Grupos de Mocidade eram indicados pelo Superintendente de cada Região e o Coordenador Nacional pelo Conselho Nacional de Diretores da IEQ.

A Coordenação Regional de São Paulo foi responsável, em conjunto com o Grupo de Mocidade da Igreja Sede, pela realização do primeiro acampamento de jovens quadrangulares, no ano de 1972. Nessa época era coordenador da região João Isaías Boscatti e ele, juntamente com uma equipe regional, organizou o primeiro acampamento na cidade de Campinas - SP, no local conhecido como "Monte do Senhor". Alguns participantes da equipe de trabalho dos acampamentos foram Daniel Marins, Elizabeth Pereira dos Santos, César Augusto dos Santos, Elizabeth Garcia, Sueli de Jesus Cajeron e Marli de Jesus, contando com a experiência e orientação do missionário americano da Foursquare para a mocidade, Rev. Gary Scot Royer.

O tema daquele primeiro acampamento foi "À Sombra da Cruz", e teve como preletores a Miss. Lucille Marie Jonhson e os missionários Gary e Leslie Royer. Vários outros acampamentos seguiram-se no local chamado "Águas Vivas" em Parelheiros, São Paulo, para os quais acorreram jovens de todo estado de São Paulo, criando um movimento até então desconhecido em meio à Mocidade Quadrangular. As vagas para os acampamentos, que chegaram a reunir mais de duzentos jovens, eram disputadíssimas e se esgotavam rapidamente. Além dos missionários citados atuaram como preletores nesses acampamentos Pastor Cairo Marques, Pastor Carlos Alberto de Quadros Bezerra, Pastor Carlos Alberto Antunes e outros. Rev. George Russell Faulkner e Missionária Luella Jane Faulkner, então pastores da Sede e presidente da I.E.Q., ali estavam presentes apoiando a Mocidade da igreja.

Esses primeiros acampamentos foram a semente de inúmeros outros que vieram a acontecer em toda a I.E.Q. e mesmo em outras denominações, e muitos que ali tiveram experiências vívidas com Deus levaram a experiência dos acampamentos para suas igrejas, sendo que alguns tornaram-se líderes e pastores por todo Brasil.

Os Grupos de Jovens realizavam também vigílias e retiros locais e regionais. Os Congressos até então eram apenas Nacionais, organizados pelo Coordenador Nacional de Grupos de Mocidade nomeado pelo C.N.D. O cargo de coordenador Estadual somente passou a existir a partir do novo estatuto, promulgado em 1999

Ocuparam o cargo de Coordenador Nacional dos Grupos de Mocidade (Jovens):

Cairo Marques - 1963 a 1965

Carlos Alberto de Quadros Bezerra - 1966 a 1969

João Isaías Boscatti - 1970 a 1974

Gary Scott Royer - 1975 a 1978

Daniel Marins Alessi - 1979 a 1982

Davi Rodrigues da Silva - 1982 a 1985

Luiz Alberto da Rocha D’Ávila - 1985 a 1986

Carlos Claro da Rosa - 1987 a 1995

Waldir Batista -1996 a 2000

Daniel Albertoni - 2000 a 2001

Sandro Catarino - 2002 a 2006

Rubens Menon - 2007 a 2008